Исчезла часть информации с внешнего диска после какой то его самопроверки

Очень похоже на проблемы файловой системы, то есть операционная система предложила вам проверить диск на ошибки, вы согласились. При проверке были обнаружены сбойные кластеры и они были исправлены (стерты). Поэтому часть данных и пропала.
Сейчас вам может помочь программа для восстановления данных.
Примеры:
R.saver, DiskGetor, R-studio.

Диск не может предложить никакую проверку. не нужно кликать на сомнительные окна. по симптомам - это какой-то вирус.
иди к соседу с флешкой, которую не вставляла в этот комп вообще, или хотя бы очень давно. скачай с другого компа Cureit. он бесплатный. вырубаешь комп, вынимаешь из розетки (некоторые вирусы могут имитировать полное отключение). отключаешь сетевой кабель, запускаешь в безопасном режиме, вставляешь флешку, запускаешь дрВеб . кюрейт, выбираешь все все, все проверки, все диски, все подключенные девайсы и долго ждешь.
В результате все что он найдет - не в карантин, не лечит, а удалить! потом форматируй ВСЕ флешки, бывшие в контакте с компом за последнее время и убедись, что после форматирования никаких скрытых файлов на флешке нет.
Возможно, что вирус поел системные файлы или драйвера и придется переусанавливать винду.